Protein Maker是美国Protein Biosolutions公司研发的高通量蛋白纯化系统。该系统解决了目前蛋白纯化的瓶颈，可同时进行24个蛋白样品的纯化实验，具有高通量，全自动，可编程等特点，满足不同用户对于不同类型蛋白的纯化要求。

Protein Maker高通量蛋白纯化系统可添加24个独立的纯化柱，每一个都有自己的缓冲液体系（平衡缓冲液A，洗涤缓冲液B，洗脱缓冲液和水）。Protein Maker结合24个精密的注射泵，每一个注射泵都有9个通路，可以实现不同缓冲液吸弃和快速切换。

Protein Maker高通量蛋白纯化系统具有24个高分辨的UV检测器，能够帮助研究人员判定蛋白的洗脱效果，确定蛋白的种类并进行蛋白的精确定量。

板架上有20个位置，用于放置SBS板或架。可以用于样品的装载，也可用于专用洗涤缓冲液等的载入。

图2：Protein Maker板架

适用于高通量蛋白质组学实验室中蛋白纯化 

· 平行蛋白色谱法 

· 24个平行的纯化
–Production Mode（24个不同的蛋白样品，1种类型的色谱柱
– Scouting Mode(24个不同的色谱柱，一种蛋白样品）
–Complex Purification Mode（多步纯化） 

· 可以运行24个色谱柱（0.1~10mL） 

· 全自动操作 

· 广泛的样本容量—0.5mL到250mL样本容量

· 自定义应用程序 

Protein Maker™软件和使用界面（下图） 

点击用户界面允许操作者选择不同的柱或改变参数用于自动化的操作，也可以进行手动的抽吸和分配操作。从开始到结束，Protein Maker™运行24个不同的1mL柱需要大约一小时。其中包括个别调整反应梯度（开始时输入24-10mL蛋白样品）

· 选择操作方法和循环数

· 设置每一次操作的流量

· 选择平衡和洗涤的循环数

· 设置每一板的体积和洗涤剂的组分

· 完全自动化的控制每一个泵、阀门和管架的位置

应用 

• 250mL初始体积中进行抗体纯化（蛋白A亲和色谱法）
• 使用免疫损耗树脂进行质谱检测中样品的准备和生物标记物的发现（血浆和脑脊髓液）
• (表面)诱导蛋白构建的平行表达和纯化检测( Ni-chelate chromatography)
• 24蛋白质样品可以平行处理,蛋白质产量可以足够用于大量的分析实验

图4：使用Protein Maker应用全自动两步IMAC纯化模式纯化的蛋白进行SDS-PAGE分析。

图5： 样品从粗E.coli重提取，包括His6x-tagged重组蛋白，通过6个单独的IMAC柱同时运行两次（顶部）。Protein Maker™平行运行的12种不同的蛋白突变的SDS-PAGE分析。从纯化的蛋白中发现两种新的结晶形式（低于200次的结晶实验）（底部）。